针对不同的物料的物理性质或化学性质，以及实验需要得到的粉末或颗粒的大小和溶解性等，科研人员可能需要不同类型的小型喷雾干燥机，才能得到最理想的实验效果。但是如何选择适合自己科研或者物料干燥要求的喷雾干燥机，是摆在科研工作者面前的一个难题，下面就常见的一些物料应用来说明：
 
一、物料溶剂为有机溶剂或物料易于氧化或有毒性
 
    喷雾干燥中含有机溶媒物料干燥难的问题，一般有机溶媒会呈易燃易爆的特性，防爆型闭式小型喷雾干燥机使物料能在密闭的干燥系统中循环，整个系统充满了惰性气体(如氮气或氩气)，可避免有机溶剂气体与外界氧气的接触，确保了安全生产。而且，由于有机溶剂的沸点低，因此可以用低温干燥方式对易发生热变性的物质干燥。
 
二、热敏性极差或需要改良溶解性的物料
 
    有的物料，基本不能受热，传统的冷冻干燥时间又非常长，而且干燥后的物料成块状，流动性差，溶解性也不是很好。
 
三、物料含糖份较高(如果汁，中草药或天然产物提取物)或物料不耐热(热敏性的物料如酶制剂活菌等)
 
    因为大部分多糖双糖低聚糖，熔点比较低，在受热的时候，糖分发生了融化，而且多糖双糖本身比较容易吸潮，所以普通的喷雾干燥机，就会很容易出现黏壁的现象，不容易得到好的干粉或颗粒。另外，像酶制剂，活菌以及一些在高温下比较容易变性的高分子材料等，使用普通喷雾干燥机，因为进风温度起码在180°C以上，物料极易失活或变性，这时，降低喷雾干燥机的进风温度，就能得到比较好的实验效果。
 
四、常规的物料如电池材料，矿物，高分子材料，化合物，香精香料，食品，西药等
 
    一些实验室用于常规粉末的制备或物料的干燥，体积小，速度快，噪音小，适应性广，对电池材料，矿物，高分子材料，化合物，香精香料，食品，西药等大多物料都能有很好的喷雾干燥效果，干燥出来的粉末球形度好，颗粒大小成正太分布。
 
五、需要得到大颗粒粉末的物料
 
    在一些实验过程中，科研人员希望得到一些大颗粒的样品，比如催化剂行业，一般需要100微米左右的颗粒才能有比较好的催化效果，但是普通的喷雾干燥机，只能得到30微米以下的颗粒，得到5-30微米左右的颗粒，还能实现小颗粒粉末的造粒，能得到100-500微米以上的大颗粒是一种追求方向。